孔氏的起源可以上溯到歷史傳說時期。遠古皇帝時代已經(jīng)有孔姓，因當時有個史官，叫孔甲，曾經(jīng)作《盤盂》一書，但是因為孔甲之后沒有孔姓世系資料，所以一般認為孔姓源于子姓，而源于子姓之孔又有三種說法：
第一、 根據(jù)宋代的《廣韻》記載，契是商族的始祖，為子姓，歷經(jīng)十四代，傳到成湯，滅下桀，建都于亳。成湯是一個圣明的君主，其子孫中有一支以商族的姓"子"，以他字中的"乙"組合起來定為姓氏就是孔氏。
第二、據(jù)唐人林寶《元和姓篡》所說，西周初期，由殷紂王的哥哥微子啟建立的宋國，為子姓。微子啟死后，其弟衍繼位。其曾孫的玄孫正考父，是宋國上卿。其子名嘉，字孔父，史稱孔父嘉。春秋時期孔父嘉的后代，以孔為氏，就形成了這支孔氏。
第三、另據(jù)《姓考》等書的記載，春秋時期鄭國（今河南新鄭）有出自姬姓的孔氏，衛(wèi)國（今河南滑縣東）有出自古佶姓的孔氏，陳國（今河南淮陽）有出自媯姓的孔氏。
孔孟后人現(xiàn)在取名，正式訂出行輩是在明朝：明初朱元璋賜孔氏八個輩字：公、彥、承、弘、聞、貞、尚、胤，供起名用。后因洪武元年五十六代孔希學及洪武十七年五十七代孔訥先后襲封衍圣公。這樣就把“希”和“言”旁加上去為十個字，即：希、言、公、彥、承，弘、聞、貞、尚、胤（后清代為避帝諱，將弘改為宏，胤改為衍）。明天啟年間，這十個字已不夠用，由六十五代衍圣公孔胤植(孔蔭植)奏準。后續(xù)二十個字即：“興毓傳繼廣，昭憲慶繁祥，令德維垂佑，欽紹念顯揚”，民國八年由七十六代衍圣公孔令貽又立二十個字咨請當時的北洋政府核準公布。亦即第八十六代至一百零五代。即“建道敦安定，懋修肈彝常，裕文煥景瑞，永錫世緒昌”。到現(xiàn)在為止已知最小輩是“欽”字輩。因此，不少孔孟后人從名字上就能看出來輩分大小。這并非是孔孟傳人一直使用的，而是在清乾隆九年（1744年），由禮部調查整理，報皇帝欽定作為孔孟后裔行輩的順序的。在此之前，孔子家譜非常繁蕪，這個取字方法比先前大大簡化，又經(jīng)皇帝提倡，使得中國其他大家族譜系的也開始效仿這種方法。
孔子后人繁衍，文武兼?zhèn)?，現(xiàn)列舉幾位有名的后人供參考：
- 第10代西漢孔藂（?-前171），早年追隨漢高祖碭山起義，屢立戰(zhàn)功，曾官左司馬、將軍、都尉。高祖五年（前202年），孔藂領軍軍夾擊項羽楚兵，大勝。次年六月被封為蓼侯。卒諡「夷」。
- 第11代西漢孔臧，孔藂之子。漢文帝時嗣蓼侯，遷博士，拜太常，位列九卿。在官數(shù)年，著書十篇，賦二十四篇。
- 第11代西漢孔安國
- 第14代西漢孔光，字子夏，自幼隨父孔霸徙居長安，通經(jīng)學，年未二十即舉為議郎。後舉方正，入朝任諫大夫。漢成帝即位，舉為博士，遷大將軍，拜相，封博山侯。哀帝劉欣即位，封為千戶。漢平帝即位，拜太傅、拜太師，稱病辭職。
- 第19代東漢孔宙(103- 163)，字季將。少好學，治嚴氏《春秋》，舉孝廉，授郎中，遷元城令。是時，泰山附近動亂，孔宙為泰山都尉，旬月而平。故吏門人立碑示後，即《孔宙碑》。碑今存曲阜孔宙東廡。
- 第20代東漢末年的孔融
- 第26代晉孔坦（285-335），字君平，居會稽。任世子文學，後補為太子舍人，遷尚書郎，任吳郡太守，後遷尚書，疾篤未任。晉元帝年間，建議申明貢舉之制，崇修學校。死贈光祿勛，諡「簡」。有集傳世。
- 第32代南朝孔奐（514-583），字休文，居會稽。好學善屬文，通經(jīng)史百家。侯景之亂，孔奐獨傲然自若，自謂不以取媚兇丑以求全。陳武帝永定三年（559年）任晉陵太守，後為御史中丞、吏部尚書等。有集傳世。
- 第32代唐孔穎達，經(jīng)學家。最重要的著作為《五經(jīng)正義》，是集魏晉南北朝以來經(jīng)學大成的著作。
- 第37代唐孔巢父（?-784），字弱翁，冀州人。少時與李白、韓準、張叔明、陶河、裴政隱居徂徠山，稱「竹溪六逸」。唐代宗廣德元年（763年），授左衛(wèi)兵曹參軍，累官至給事中、河中、陜、華等州招討使，兼御史大夫。唐德宗興元元年（784年）受命為魏博宣慰使，成功勸說藩鎮(zhèn)田悅歸順。後為藩鎮(zhèn)李懷光部眾所殺。
- 第38代唐孔述睿（730-800），山陰（今浙江紹興）人。唐代宗召為大常寺協(xié)律郎，轉國子博士，遷尚書司勛員外郎、史館修撰，後升為諫議大夫兼皇太子侍讀，改秘書少監(jiān)兼右庶子，復為史館修撰。“述睿每遷，即至朝謝，俄而辭疾歸。”述睿精研地理，重修《地理志》。卒贈工部尚書。
- 第45代北宋孔道輔（985-1039），字原魯。宋真宗大中祥符五年（1012年）舉進士第，授寧州軍事推官。九年（I016年）遷大理寺丞，知仙源縣（今曲阜縣），主孔子祀事。曾受命出使契丹，契丹宴使者，優(yōu)人以孔子為戲，道輔怒退，契丹陪罪，後不敢侮慢宋使。後知兗州，曾訪得孟子墓，建廟於墓之西南。卒後，受祀于鄒城孟廟，稱先儒孔氏。
- 第46代北宋孔宗翰，字周翰，孔道輔次子。登進士第，知仙源縣（今曲阜縣）。司馬光上章推薦，遷為太常博士，後為司農(nóng)少卿，后遷鴻臚。編有《孔氏宗譜》、《闕里世系》等。
- 第47代北宋孔平仲，字義甫。姓剛直，而仕途坎坷，一生多次貶官。長於史學，工文詞，著有《續(xù)世說》等書。與兄文仲、武仲俱有文名，黃庭堅論元佑人才，譽稱「二蘇（蘇軾、蘇轍）聯(lián)璧，三孔分鼎」。
- 第54代元孔思迪，字凝道。以國子生授膠西主簿、安慶錄事，轉光山尹，遷陜西行臺御史、湖廣都事、太常禮儀院判、太常禮儀使。元文宗時，楚中因災動亂。遷思迪為湖廣都事，以宣撫安定為主策，動亂遂告平息。
- 第60代明孔承倜，字永冠。博學工詩，尤精顏真卿書法，明代孔廟石碑多出其手。一生為官清正，篤信陽明之學，足跡所至，均開館會生徒。著有《易經(jīng)代言》、《詩經(jīng)代言》、《書經(jīng)代言》、《四書代言》等。
- 第62代明孔聞詩（?-1643），字四可。天啟二年（1622年）舉進士，授中書舍人。崇禎元年（1628年），向明思宗條上八事，以革新政治。時清兵已入昌平，下京畿州縣，聞詩應援守御，戰(zhàn)績卓著。編有《奏議》數(shù)卷。
- 第63代明孔貞運（1574-1644年），字開仲。明萬歷四十七年（1619年）以殿試第二名賜進士第，授翰林院編修。官至東閣大學士，晉太子太保，代為輔相。編著有《詞林典類》等書。
- 第63代清孔貞瑄，字壁六，清順治庚午舉人，博學多才，潛心研究經(jīng)史，尤精算學、韻學。由泰安學正升云南大姚知縣，因爭公道不得而辭官。晚年專事著述，著有《聊園文集》等。
- 第64代清戲劇桃花扇作者孔尚任。
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